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独立学院作为我国高等教育办学体制改革和创新的重要成果，萌芽于1995年民办四川电影电视艺术进修学院与四川师范大学合作成立的四川师范大学电影电视学院，燎原于20世纪90年代后期江浙一带的国有民办二级学院，正式命名于2003年教育部出台的《关于规范并加强普通高校以新的机制和模式试办独立学院管理的若干意见》，健全于2008年教育部颁布的《独立学院设置与管理办法》。

也是在2008年，首批4所独立学院转设为普通民办高校（哈尔滨商业大学德强商务学院转设哈尔滨德强商务学院，沈阳师范大学渤海学院转设辽宁财贸学院，东北大学东软信息学院转设大连东软信息学院，吉林艺术学院动画学院转设吉林动画学院）揭开了我国独立学院转设进程的序幕。十余年间，全国有169所独立学院进行了转设/停办。截至2024年1月，还剩下160所。

我国独立学院数量最高时达到360多所，2003~2004年重新审批后确认了249所，到2008年5月数量再次达到顶峰——326所。但随后，2008年9月，有4所独立学院转设，数量降至322所。2009年转设1所，新设1所，数量未变。2010年10月，教育部批复同意设立北京电影学院现代创意媒体学院，独立学院数量又涨到了323所。从此以后，逐年减少，至2023年11月，全国还有160所。

从地区分布上来看，至2004年，独立学院发展到28个省市区。2005年4月，海南大学三亚学院正式成立，海南省也有了独立学院。2008年5月，教育部批准内蒙古大学创业学院和内蒙古师范大学鸿德学院，独立学院分布区域扩展到30个省市区。2012年3月，教育部批准海南大学三亚学院转设为三亚学院，海南成为第一个将独立学院转设完成的省份（西藏一直没有）。2021年5月，甘肃省完成独立学院转设。

以下为已经转设和停办的独立学院名单：

从上表可以看出，独立学院转设后的名称绝大多数重新定名，完全只是去掉母体高校名称的有以下几所：福州大学阳光学院、华中科技大学文华学院、福建师范大学闽南科技学院、华中师范大学武汉传媒学院、华侨大学厦门工学院、中南财经政法大学武汉学院、海南大学三亚学院、复旦大学上海视觉艺术学院、东北大学大连艺术学院、云南大学滇池学院。

转设后仍使用母体大学校名（简称）的有2所：浙大城市学院、浙大宁波理工学院。根据浙江大学规划，浙大城院和浙大宁理是浙江大学双一流办学体系不可分割的重要组成部分，只不过性质上不再是独立学院。

转设后又发生过更名的有3所：哈尔滨德强商务学院2013年更名黑龙江财经学院，武汉长江工商学院2014年更名为武汉工商学院，郑州成功财经学院2018年更名为郑州商学院。

已停办并撤销建制的有5所：复旦大学太平洋金融学院、同济大学同科学院、辽宁科技大学信息技术学院、中国医科大学临床医药学院、辽宁石油化工大学顺华能源学院。

转设为公办院校的有27所：新疆科技学院、新疆理工学院、新疆政法学院、新疆第二医学院、山东石油化工学院、浙大宁波理工学院、浙大城市学院、湖州学院、嘉兴南湖学院、温州理工学院、苏州城市学院、无锡学院、山西工学院、山西科技学院、山西电子科技学院、赣南科技学院、南昌医学院、赣东学院、河北石油职业技术大学、河北工业职业技术大学、河北科技工程职业技术大学、山西工程科技职业大学、浙江药科职业大学、广西农业职业技术大学、贵阳康养职业大学、兰州资源环境职业技术大学、兰州石化职业技术大学。

转设为本科职业大学的有10所：景德镇艺术职业大学、山西工程科技职业大学、河北科技工程职业技术大学、河北石油职业技术大学、河北工业职业技术大学、贵阳康养职业大学、广西农业职业技术大学、兰州资源环境职业技术大学、兰州石化职业技术大学、浙江药科职业大学。

曾以“分校”命名的独立学院有4所：武汉科技大学中南分校（2011年转设）、武汉大学东湖分校（2011年转设）、华中师范大学汉口分校（2011年转设）、华中科技大学武昌分校（2015年转设）。但是有一所分校未被教育部列入独立学院行列——福建师范大学福清分校，它已于2019年6月改为福建技术师范学院。

此外，成立于2013年12月的安徽大学艺术与传媒学院，虽然独立设置、独立管理，但仍是安徽大学的二级学院。所以，教育部未将其统计进独立学院序列内。安徽大学艺术与传媒学院已于2019年6月改为安徽艺术学院。

以下为目前还未转设的独立学院名单：

未转设的独立学院中，已有10余所停止招生，但学校建制尚未撤销。

沈阳工业大学工程学院2011年就已停止招生，2014年12月，沈阳工业大学撤销工程学院；北京航空航天大学北海学院2013年已停止招生，2023年9月挂牌启用桂林电子科技大学北海银滩校区；沈阳航空航天大学北方科技学院2013年起停止招生；天津师范大学津沽学院2018年起停止招生；西安电子科技大学长安学院2019年已停止办学；河北大学工商学院、山西财经大学华商学院、山西医科大学晋祠学院、南京大学金陵学院、南京中医药大学翰林学院2020年起停止招生。以上10校已无在校生。

南开大学滨海学院、杭州师范大学钱江学院、同济大学浙江学院、北京师范大学珠海分校、新疆农业大学科学技术学院等2021年起停止招生。

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